箱线图,蛋白组学, 生信绘图, 在线分析
箱线图
什么是箱线图？
箱线图（Box plot）是一种用来显示数据分布情况的统计图表。
它展示了一组数据的五个统计特征：下限、第一四分位数（Q1）、中位数、第三四分位数（Q3）和上限。外面的黑点显示离群值的存在和分布情况。
四分位数（quartile）是指在统计学中把所有数值由小到大排列并分成四等份，处于三个分割点位置的数值。四分位数也被称为四分位点，它是将全部数据分成相等的四部分，其中每部分包括 25%的数据，处在各分位点的数值就是四分位数。四分位数有三个，第一个四分位数是下四分位数，第二个四分位数就是中位数，第三个四分位数称为上四分位数，分别用 Q1、Q2、Q3表示
四分位距IQR:是Q3-Q1，也就是说上下四分位数的差值。
上下限:上下限并不是整个数据样本的最大值和最小值，而是上限 = 去除异常值的最大值（Q3+1.5IQR）和下限 = 去除异常值的最小值（Q1-1.5IQR） ，在上下限这里分别划出两条线段作为异常值的分界点。
那么在箱线图中，上下限之间就是数据样本的正常分布区间，超出上下限就定义为异常值。
绘图前的数据准备
包含2个维度的数据，在组学数据中通常每一列是个样本，每一行是个蛋白。
注意受到数据中极大值的影响，箱线图可能会被压的很扁，可以尝试做log转换。
demo数据可以在这里下载https://www.r2omics.cn/res/demodata/boxplot.txt
BioLadder生信云平台在线绘制箱线图
不想写代码？可以用BioLadder生信云平台在线绘制箱线图。
网址：https://www.bioladder.cn/v2/#/boxPlot
上传文件
点击”选择文件”按钮上传自己的文件
demo数据可以在绘图界面直接下载。默认条件下，系统已自动载入demo数据。
可以使用”编辑”选项在线修改您的数据文件。编辑完记得保存哦。
备注：
点击下载示例，可以下载demo数据；
在问号提示里，可快速的查看数据的要求格式。
支持xlsx，xlsx，txt，tsv格式
调整参数
特有参数
根据需求调整参数即可
对数处理：当箱子被压得很扁，或者有很多异常的时候，试着做对数变换。
抖动散点：是否在箱子上添加散点，看每个数值的分布，当数据量很大时，不建议标上绘制散点。
散点大小：散点的大小
是否添加假设检验标签：可以在组别之间添加一个显著性标签
检验方式：选择计算显著性的方法
标记样式：选择标注显著性的样式，可以选择数值或“*”号。 数值则直接显示p值的具体值，“*”号则表示p<0.05,“**”表示p<0.01，“***”表示p<0.001
通用参数
坐标轴选项卡：可以调整坐标轴名字，刻度大小等，更多选项中还可以调整字体的倾斜角度，样式等。
颜色选项卡：可以调整图案颜色和透明度，布局主题等。你可以选择默认的颜色方案，也可以使用我们预设的多种配色方案。在自定义颜色中，可以自由决定哪些样本使用何种颜色。
提交查看
上传完数据，并调好参数后，点击右上方”提交”按钮，结果会出现在左侧。如果没有上传自己的数据，会使用默认的demo数据绘图。
有些云工具，默认状态是动态图，动态图指的是，鼠标放上去可获得一些基本的交互信息。可以在提交按钮的右侧，切换为”静态图”，得到出版物级别的图片。
有些云工具，旁边还有个小机器人按钮。 这个是同级、上下级智能切换功能：在使用云工具时，某些工具存在着同级或上下级关系，可以跳转。例如，当你再画箱线的时候，可以一键跳转到小提琴图的模块，免去了数据重复上传的步骤。
下载
默认状态是动态图，下载按钮在图片的右上角，可以下载html格式的文件。
除动态图外，还可以下载静态图。在静态图条件下，基本参数选项中额外添加了图片的长度，宽度以及分辨率，可自由的调整图片的比例和下载格式，所见即所得。
当选中”静态图”时图片的参数调整在”基本参数”选项卡中。
引用
如果您使用了BioLadder生信云完成了数据分析，我们期望您在文章发表时，在方法学部分提及我们。例如，XXXX analysis was performed online in BioLadder (bioladder.cn)
并引用我们的文章，
Yupeng Zhang, Chunyuan Yang, et al. 2024. BioLadder: A bioinformatic platform primarily focused on proteomic data analysis. iMeta 3: e215. https://doi.org/10.1002/imt2.215
更多帮助
使用中遇到的问题，可微信扫描下方二维码，进交流群，咨询。
