1  R语言 装包方式总结

1.1 普通安装(从CRAN安装)

install.packages("包名")

1.2 从Bioconductor安装（主要是一些生物学包）

# 先安装BiocManager包
install.packages("BiocManager")
# 再调用BiocManager包里的install函数安装
BiocManager::install("包名")

1.3 从GitHub上安装

1.3.1 方式一： devtools

# 先安装devtools包
install.packages("devtools")
# 再调用devtools包里的install_github函数安装
devtools::install_github("github用户名/包名")

1.3.2 方式二： remotes

# 先安装remotes包
install.packages("remotes")
# 再调用remotes包里的install_github函数安装
remotes::install_gitlab("github用户名/包名")

1.4 下载到本地安装

1.4.1 CRAN

  1. 从https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html中找到并下载R包到本地

  2. install.packages(“路径+文件名称”)

install.packages("C://Users/82414/Downloads/ggplot2_3.3.5.tar.gz")

注意：还需要按照CRAN上的提示安装此包的依赖包

1.4.2 GitHub

  1. 从https://github.com/上找到并下载

  2. 解压并在R中打开此路径（setwd(“路径名”)）

  3. 安装

devtools::install_local()

1.5 conda安装

如果使用了conda环境，可以用conda的功能安装R包，还会自动的安装所需要的lib环境，相当省心。

conda install r-包名

1.6 常见问题总结

1.6.1 package ‘name’ is not available for this version of R

Warning in install.packages : package ‘Mfuzz’ is not available for this version of R

  • 从CRAN上检查此包需要的R版本，如果大于您的R版本，需要升级R

  • 通常情况下，一般是需要用到本文中第2或3种方法安装

1.7 附录

  • CRAN有哪些包：

https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html​cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html

  • Bioconductor有哪些包：

Bioconductor - BiocViews​bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software

  • anaconda查包：

https://anaconda.org/​anaconda.org/