29 seqlogo序列标识图
29.1 什么是序列标识图seqlogo？
序列标识图（sequence logo），序列标识图就是序列的logo，它是以图形的方式依次绘出序列比对中各个位置上出现的残基，每个位置上残基的累积可以反映出该位置上残基的一致性。每个残基对应图形字符的大小与残基在该位置上出现的频率成正比。在生物信息分析中，经常需要做序列标识图。例如，突出序列比对中的保守位置，用于研究结构域序列相似性。
本文我们就来讨论一下序列标识图seqlogo是如何绘制的。
29.1.1 绘图前的数据准备
demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/seqLogo/demoData.txt下载。
数据有且只有一列，没有行名与列名。内容是氨基酸序列。
29.1.2 R语言怎么画序列标识图seqlogo
library(ggseqlogo)
df = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/seqLogo/demoData.txt",header = F)
csl = c()
# # 自定义每个字母的颜色
# csl <- make_col_scheme(chars = c("A"), cols = c("red"))
ggseqlogo(df,
method = "prob", # 定义统计方式"prob"百分比；bits；“custom”
col_scheme = csl) # 定义颜色方案
# 其他基于ggplot2的代码也可以用，略29.1.3 BioLadder生信云平台在线绘制序列标识图seqlogo
不想写代码？可以用BioLadder生信云平台在线绘制序列标识图seqlogo。
网址：
seqlogo-BioLadder生物信息在线分析可视化云平台www.bioladder.cn/web/#/chart/32
